CETTE INSTALLATION EST EXPÉRIMENTALE
Alphafold, s'il n'est pas utilisé de manière très stricte, risque de surcharger le système de fichiers Lustre. Les jobs alphafold doivent donc suivre strictement la procédure indiquée ici
Version d'ALPHAFOLD disponible sur OLYMPE : version 2.2.0
Nous proposons deux scripts permettant d'exécuter alphafold sur Olympe dans de bonnes conditions. Ces scripts doivent être exécutés l'un après l'autre. Le seconde attend la fin du premier pour démarrer. Merci d'utiliser ces scripts, il n'y a que quelques lignes à modifier pour les exécuter.
Utiliser alphafold sur Olympe:
- Téléchargez les scripts alphafold
- Dézippez le fichier, vous aurez deux scripts dans votre répertoire courant:
tar cf scripts-alphafold.tgz
ls -1
script-mesca.bash
script-volta.bash - Modifiez script-mesca.bash (lignes 26-27): nom de fichier fasta et options d'alphafold
- Modifiez éventuellement script-volta.bash (lignes 13 à 15): l’option --time doit sans doute être ajustée, surtout si votre protéine est un peu grosse.
- Exécutez script-mesca.bash:
sbatch script-mesca.bash
Le premier script se lancera sur une mesca, et exécutera les applications de bioinformatique. Celles-ci sont exécutées sur une mesca, car cela permet d'utiliser sa grande mémoire comme mémoire cache pour des applications très lourdes du point-de-vue des entrées-sorties. Ensuite, il appellera script-volta.bash, qui se lancera sur une volta pour exécuter la phase qui utilise tensorflow, bien plus rapide avec un gpu.
NOTES :
- Pas la peine de réserver plus d'un gpu, alphafold ne peut pas utiliser plus d'un gpu durant son traitement. cf. https://github.com/deepmind/alphafold/issues/30
- Par defaut, seul l'espace HOME est visible depuis le conteneur. Pour que d'autres espaces soient visibles, il faut les spécifier avec l'option -B.
Exemple pour rendre visible /usr/local et /tmpdir/${USER}:
singularity run -B "/usr/local" -B "/tmpdir/${USER}" /usr/local/containers/mon_conteneur.sif