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Raccourcis
Version installée sur OLYMPE: 2.12 (CPU et GPU)
Les versions installées sur Olympe
2.12 - CPU
2.12 - CPU
NAMD a été compilé avec le compilateur intel et intelMPI (18.2)
module load namd/2.12
2.12 - GPU
2.12 - GPU
NAMD, version GPU, a été compilé avec le compilateur intel et intelMPI (18.2), et cuda 9.1.85.3
Environnement:
module load namd/2.12-gpu
Modèles de scripts:
Des modèles de script batch (respectivement multi-nœud et mono-nœud) sont disponibles:
ls -l /usr/local/namd/2.12-gpu/exemple* -rw-r--r--. 1 sysinst gsysinst 1296 19 juil. 2018 /usr/local/namd/2.12-gpu/exemple_script_soumission_mpi.sh -rw-r--r--. 1 sysinst gsysinst 894 19 sept. 2018 /usr/local/namd/2.12-gpu/exemple_script_soumission.sh
De plus amples informations sur la soumissions des calculs namd avec GPU sont aussi disponibles sur le site web de NVidia : https://www.nvidia.com/en-us/data-center/gpu-accelerated-applications/namd/.