Améliorer les performances

Quel compilateur utiliser, que font les wrappers mpi ?

Avant d’optimiser, il faut avoir un code exempt de bogues : le débogueur ddt peut vous aider à déboguer votre code

Le code étant débogué, un profilage lors de l’exécution sur des jeux de données tests vous permettra d’identifier les "points chauds". La liste suivante explique dans quel ordre il est préférable d’utiliser ces outils.

• APS, Application Performance Snapshot Un outil Intel permettant d’avoir en un coup d’œil une idée générale du profil de votre code. Vous aurez des données sur les E/S, les unités de calcul, l’utilisation de la mémoire, et les appels mpi. A utiliser en premier.
• map (un outil arm) vous donnera les mêmes informations, mais vous verrez en plus leur évolution au cours du temps, et vous pourrez faire le lien entre ce que vous mesurez et votre code.
• S’il semble y avoir un problème du côté de mpi :
  • Bull MPI Lightweight Profiler (outil Bull/Atos) donne des informations synthétiques intégrées à la sortie standard.
  • Intel Trace Analyzer Collector (ITAC, outil graphique d’Intel(r)) peut vous donner des informations plus fines.
• Si vous souhaitez investiguer l’utilisation de la mémoire, l’outil Intel inspector peut vous aider (doc à venir)
• Si le problème vient plutôt de l’utilisation des unités de calcul, vous pouvez utiliser deux outils intel¹
  • vtune
  • advisor

La MKL (bibliothèque d’Intel) permet souvent d’améliorer les performances. Elle comprend BLAS, LAPACK, ScaLAPACK... :

• Utilisation de la MKL avec les compilateurs Intel
• Utilisation de la MKL avec les compilateurs Gnu
• Tests de scalabilité avec la MKL (en mémoire partagée)
• Lancer plusieurs srun sur la même reservation sbatch

• La stratégie First Touch
• Particulièrement important dans le cas des jobs hybrides (mpi-opnmp): Placer (ou attacher) des processus
• Utilisation du lanceur srun en mode "multi-programmes"

La vectorisation permet de tirer partie des processeurs Intel les plus récents, en leur permettant d’exécuter un grand nombre d’opérations simultanément (additions et multiplications sur des vecteurs).

• A télécharger: une présentation générale de la vectorisation (en anglais)
• Comment activer les instructions de vectorisation lors de la compilation de votre code ?
• En pratique, quel gain peut-on en attendre ? 
  • Utilisation pratique de la vectorisation
  • Vectorisation et Intensité Arithmétique : un article théorique et un tutoriel pratique
• Vector Advisor, un outil Intel d’aide à la vectorisation.